عظمت سید محمدباقر قزوینی هنگامی متجلی شد که در سال 1246 طاعون در عراق شیوع پیدا کرد. گفته‌اند که این طاعون تنها در نجف اشرف حدود چهل هزار قربانی داشته است و گاه در یک هفته هزار نفر می‌مردند.

در این فاجعه، اقدامات بزرگوارانه فراوانی از سید نقل کرده‌اند.

شیخ نوری می‌گوید: در آن ایام، از قوت قلب، همت بلند و کوشش و اقدام در انجام کارهای مسلمین و تجهیز امواتی که از حد شمارش خارج شده کارهای حیرت آوری از سید بروز کرد که دیگر علما توفیق آن را نداشتند.

وی، خود به تجهیز همگان که بیش از چهل هزار نفر شدند، اقدام می‌نمود. اول صبح به حرم علوی می‌آمد و زیارتی مختصر بجای می‌آورد و در ایوان حجره متصل به در شرقی، سمت راست کسی که به صحن شریف وارد می‌گشت، می‌نشست و هر گروهی از آنان را برای امری از امور تجهیز تعیین کرده بود، نزد وی جمع می‌شدند.

بعضی برای برداشتن جنازه‌ها، و برخی برای غسل دادن و عده‌ای برای دفن و گروهی برای طواف دادن آنها و غیره. آنگاه آنان را به دنبال کارهایشان می‌فرستاد و شخص شریف خود بر همه آنها نماز می‌خواند.

در ابتدا هنگام صبح، ‌مردگان حدود بیست تا سی نفر بودند اما در یک روز تعدادشان به هزار نفر رسید و همه را به ترتیبی که در شرع مقرر شده بود تجهیز کرد بدون اینکه در مستحبات و آداب آن خللی وارد شود.

همین که از نماز بر گروهی فراغت می‌یافت و جنازه‌ها برداشته می‌شدند، تعدادی دیگری را به جای آنها می‌گذاشتند و همچنان تا ظهر بر سر پا ایستاده بود.

هر گاه از کسی سستی در حمل جنازه مشاهده می‌کرد، خود عبایش را بر دوش می‌گذاشت و شخصاً جنازه را حمل می‌کرد و به سوی درهای مطهر می‌برد.

هنگام ظهر برای ناهار خوردن وارد حجره می‌شد و در این فاصله کوتاه، سید درستکار، سید علی عاملی برای نماز نیابت ایشان را بر عهده می‌گرفت.

سپس خود سید محمدباقر بیرون می‌آمد و تا هنگام غروب به نماز مشغول می‌شد و دقیقه‌ای از این کار باز نمی‌ماند.

هرگاه شب فرا می‌رسید در اطراف صحن به بررسی می‌پرداخت و در میان حجره‌ها می‌نشست تا در هنگام شب مرده دفن نشده‌ای باقی نماند.

در این ایام مردم پولهای بسیار که برای وی وصیت شده بود، نزد او می‌آوردند و آنها را در محل خودشان به مصرف می‌رساند و با وجود این همه گرفتاری ذره‌ای از آنها رادر غیر مورد خود خرج نمی‌کرد.

این توفیقات به نیرویی ربانی و تأییدات ایمانی و توفیقات آسمانی و فقاهتی احمدی و همتی علوی، نیازمند بود.

و از سید مرتضی نجفی روایت شده است که: در آن روزها، در کنار این سید مؤید ایستاده بودم که مرد سالخورده غیر عربی از مجاوران پشت سر جمعیت ایستاده بود و به سید نگاه می‌کرد و می‌گریست گویا حاجتی را طالب بود و به آن نمی‌رسید.

سید متوجه او شد و به من گفت: پیش او برو و حاجتش را جویا شو. به وی نزدیک شدم و خواسته‌اش را پرسیدم. گفت: اگر در این روز‌ها مردم، دوست دارم که سید، نمار منفردی بر من بخواند. به سید گفتم و او پذیرفت. فردای آن روز، جوانی را که در حال گریه دیدیم. علت را پرسیدیم. گفت: من پسر همان کسی هستم که دیروز از سید درخواست کرده بود و اینک این بلای حتمی به وی رسیده و مرا نزد جناب آقا فرستاده تا درخواست کنم به عیادتش برود. سید، قبول کرد و آن سیدی را که قبلاً از او یاد شد، برای نماز بجای خود نیابت داد و به سوی منزل آن شخص به راه افتاد. ما که جماعتی بودیم، به همراه وی حرکت کردیم. در میان راه مردی درستکار که برای انجام کاری از خانه‌اش خارج شده بود، ما را دید. هنگامی که مشاهده کرد سید به همراه جماعتی عازم جایی هستند، ایستاد و به من گفت: به ضیافتی می‌رویم؟ گفتم: نه، به عیادتی می‌رویم. گفت: به دنبالتان می‌آییم تا آن سعادت نسیب ما شود....

منبع: کتاب داستان‌هایی از نجف اشرف، صفحه‌ی 227 با تصرف