زمانی هم مرحوم میرزا علی آقا شیرازی نجل مرحوم میرزای بزرگ خدمت آقای بروجردی آمده بود ایشان فرموده بود:
در خانه‌هایتان بگردید و مکاتبات میرزا و ناصرالدین شاه را پیدا کنید. از قرار معلوم پس از جریان تنباکو شاه به میرزا نوشته بود:
جناب مستطاب ملاذ الانام و حجت الاسلام… (این القاب آن زمان خیلی مهم بود) حالا که ما حرف شما را در جریان تنباکو قبول کردیم، مملکت را هم بیایید خودتان اداره کنید (این مضمون نامه بود)
و میرزا در جواب نوشته بود:
اعلی حضرت… نه خیر! کما کان شما شاه و ما رعیت، لیکن اگر باز هم مطلب خلافی بروز کند ما هستیم، ما ناظر هستیم.
آن گاه آقای بروجردی فرمودند:
شاه از خدا می‌خواست که میرزا قبول کند، شش ماه نمی‌کشید که آبروی روحانیت و دین می‌رفت، چون مشکلات زیاد بود و توقع مردم از روحانیت زیادتر…
منبع: خاطرات آیة الله گرامی صفحه 128